مکمل های چربیبیوهیدروژناسیون فرایندیست که در شکمبه اتفاق می‌افتد. طی این فرایند، باکتری‌ها اسیدهای چرب غیر اشباع (USFA) را به اسیدهای چرب اشباع (SFA) تبدیل می‌کنند و در نتیجه؛ اسیدهای چرب خروجی از شکمبه بسیار اشباع می‌شوند (شکل ۱). از این رو، اگرچه حیوانات می‌توانند مقادیر زیادی USFA را از مواد غذایی استاندارد مصرف کنند اما بیشتر آنها در شکمبه به SFA تبدیل می‌شوند. بنابراین برای جذب به چربی شیر، گوشت یا بافت‌ها در دسترس نیستند.
شکل ۱: بیوهیدروژناسیون اسیدهای چرب غیراشباع در شکمبه
اسیدهای لینولئیک و لینولنیک بسترهای اولیه برای بیوهیدروژناسیون هستند و داده‌ها به ترتیب نرخ بیوهیدروژناسیون ۷۰-۹۵٪ و ۸۵-۱۰۰٪ را نشان می‌دهند. دو گروه از باکتری‌ها در بیوهیدروژناسیون نقش دارند که با عنوان گروه A و گروه B طبقه‌بندی می‌شوند. مسیر بیوهیدروژناسیون اسیدهای لینولئیک و لینولنیک در شکل ۲ ارائه شده است (Bauman et al., 2003).
شکل ۱: مسیرهای بیوشیمیایی برای بیوهیدروژناسیون اسیدهای لینولئیک و لینولنیک در شکمبه
فرآیند بیوهیدروژناسیون USFA به SFA شامل چندین مرحله است که منجر به تولید بسیاری از اسیدهای چرب منحصر به فرد، به عنوان واسطه‌های بیوهیدروژناسیون می‌شود که برخی از آنها شکمبه را ترک می‌کنند و در چربی شیر جذب می‌شوند. با این حال، برخی از واسطه‌های اسیدهای چرب ترانس که توسط بیوهیدروژناسیون تشکیل می‌شوند، می‌توانند منجر به کاهش عمده در تولید چربی شیر شوند – برای بحث در مورد اثرات اسیدهای چرب ترانس بر تولید چربی شیر، به بخش “کاهش چربی شیر” مراجعه کنید.